Die Kirchgemeinden der Reformierten Landeskirche Aargau sind in sechs Dekanate eingeteilt.
Das Dekanat Baden umfasst folgende Kirchgemeinden:
- Baden (Baden, Ennetbaden, Ehrendingen, Freienwil, Obersiggenthal, Untersiggenthal)
- Bergdietikon
- Birmenstorf-Gebenstorf-Turgi
- Döttingen-Klingnau-Kleindöttingen (Döttingen, Klingnau, Ortsteile Eien und Kleindöttingen und Burlen der Einwohnergemeinde Böttstein und wenige Teile des Ortsteils Leuggern der Einwohnergemeinde Leuggern)
- Kirchgenossenschaft Kaiserstuhl-Fisibach
- Koblenz (Koblenz, Full-Reuenthal, Leibstadt und Ortschaften Felsenau und Gippingen der Einwohnergemeinde Leuggern)
- Mellingen (Mellingen, Fislisbach, Mägenwil, Niederrohrdorf, Oberrohrdorf, Remetschwil, Stetten, Tägerig, Wohlenschwil)
- Kirchgenossenschaft Schneisingen-Siglistorf
- Spreitenbach-Killwangen (Spreitenbach, Killwangen)
- Tegerfelden (Tegerfelden, Baldingen, Endingen, Lengnau)
- Wettingen-Neuenhof
- Würenlos
- Zurzach (Bad Zurzach, Böbikon, Mellikon, Rekingen, Rietheim, Rümikon, Wislikofen)
Die Dekanatsversammlung setzt sich aus den Mitgliedern aller Kirchenpflegen eines Dekanats zusammen. Sie wählt die Vorschläge für die Mitglieder der Dekanatsleitung zuhanden des Kirchenrats. Sie kann gemeinsame Aufgaben beschliessen und pflegt Gemeinschaft.
Im Dekanatskapitel versammeln sich alle ordinierten Angestellten der Kirchgemeinden eines Dekanats, bilden sich gemeinsam weiter und besprechen theologische und praktische Fragen.
In der Präsidienkonferenz versammeln sich alle Präsidentinnen und Präsidenten der Kirchenpflege eines Dekanats unter Leitung des/der Dekans/Dekanin und besprechen anliegende Themen.